دبیر شورای هماهنگی، مسئول امور اداری و اجرایی مرجع است و زیر نظر رییس فعالیت می نماید. وظایف وی عبارت است از:

الف ـ تمشیت امور اداری و اجرایی

ب ـ تهیه دعوت نامه ها و دستور جلسات، تدوین صورتجلسات و ابلاغ مصوبات شورای هماهنگی برای سازمان های ذی ربط و پیگیری حسن اجرای مصوبات

پ ـ برنامه ریزی مدون برای تشکیل جلسات کارگروه های تخصصی ت ـ پیشنهاد ترکیب هیئت های اعزامی بـه اجلاس های منطقه ای و بین المللی بـه رییس مرجع ملی

ث ـ تهیه گزارش های مربوط بـه حقوق کودک و ارایه آن بـه شورای هماهنگی

ج ـ اخذ گزارش هیئت های اعزامی بـه خارج از کشور و تهیه بانک اطلاعات گزارش ها

چ ـ تدوین بیانیه ها و گزارش های مورد نیاز برای ارایه بـه مجامع بین المللی و سایر اجلاس های مرتبط

ح ـ تعامل و همکاری با پژوهشگران و مراکز علمی و پژوهشی در امور مربوط بـه حقوق کودک

خ ـ ایجاد سامانه الکترونیکی در زمینه های مربوط بـه حقوق کودک و امور اداری مرجع ملی و شورای هماهنگی

د ـ انجام سایر امور ارجاعی مرتبط با شرح وظایف از سوی مرجع ملی و شورای هماهنگی ماده