مرجع ملی دارای حداقل چهار کارگروه کارشناسی دائمی بـه شرح زیر می باشد:

الف ـ پایش و ارزیابی

ب ـ حقوقی و قضایی

پ ـ آموزش و اطلاع رسانی

ت ـ حمایتی و هماهنگی

تبصره 1 ـ ترکیب اعضا و تفصیل حدود وظایف و شیوه عملکرد این کارگروه ها در چارچوپ مفاد این آیین نامه، با پیشنهاد رییس مرجع ملی و تصویب شورای هماهنگی تعیین می شود.

تبصره 2 ـ مرجع ملی می تواند در موارد خاص و ضروری، با پیشنهاد رییس مرجع ملی و تایید شورای هماهنگی، کارگروه های موردی و موقت تشکیل دهد.

تبصره 3 ـ هر کارگروه می تواند حسب مورد از کارشناسان مجرب دولتی و غیردولتی در حوزه های مرتبط با موضوع فعالیت خود دعوت نماید. دعوت موردی و استفاده از کارشناسان خارجی با رعایت قوانین و مقررات بلامانع خواهد بود.