موضوع سازمان عبارت است از تامین نیاز های اساسی دولت در زمینه حسابرسی و ارائه خدمات تخصصی مالی به بخش های دولتی و تحت نظارت دولت و تدوین و تعمیم اصول و ضوابط حسابداری و حسابرسی منطبق با موازین اسلامی و تحقیق و تتبع در روش های علمی و عملی به منظور اعتلای دانش تخصصی منطبق با نیاز های کشور.