وظایف و اختیارات رییس مرکز به شرح زیر است:

1 ـ اداره امور مرکز و نظارت بر حسن اجرای وظایف آن.

2 ـ اخذ تصمیم و صدور دستور درباره امور مالی، اداری و استخدامی مرکز در حدود تشکیلات و بودجه مصوب و مقررات مربوط و امضای نامه ها و مکاتبات.

3 ـ پیشنهاد اصلاح ساختار تشکیلاتی مرکز به وزیر بازرگانی جهت طی مراحل قانونی تصویب به مراجع ذی صلاح.

4 ـ پیشنهاد تسهیلات و مشوق ها برای توسعه تجارت الکترونیکی به وزارت بازرگانی و نظارت بر حسن اجرای آن پس از تصویب مراجع ذی ربط.

5 ـ تهیه و تنظیم گزارش مالی و پیشنهاد بودجه مرکز به وزارت بازرگانی جهت تصویب در مراجع ذی ربط.

6 ـ نصب و عزل کارکنان مرکز بر طبق مقررات مربوط و براساس تشکیلات مصوب. 7 ـ نمایندگی مرکز در مقابل اشخاص حقیقی و حقوقی اعم از دولتی و غیر دولتی و نیز مراجع قضایی با حق توکیل به غیر.

8 ـ ارجاع دعاوی به داوری و تعیین داور و پایان دادن دعاوی به صلح با رعایت اصل 139 قانون اساسی.

9 ـ معرفی امضاهای مجاز برای استفاده از حساب های بانکی با رعایت قوانین و مقررات مربوط.

10 ـ انجام اقدامات لازم برای برقراری ارتباط با تشکل ها، مراجع و سازمان های داخلی و خارجی مرتبط با امر تجارت الکترونیکی برای تحقق اهداف مرکز.

11 ـ تهیه گزارش عملکرد سالانه مرکز و ارایه آن به وزیر بازرگانی و کار گروه یاد شده.

12 ـ امضای قراردادها و اسناد تعهدآور.