بـه منظور ساماندهی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی و ایفای نقش مؤثر آنها در تحقق اهداف سند چشم انداز بیست ساله نظام، اعمال مدیریت یکپارچه و ایجاد رشد اقتصادی مناسب در این مناطق، هم پیوندی و تعامل اثرگذار اقتصاد ملی با اقتصاد جهانی و ارائه الگوی توسعه ملی در بخش های مختلف:

الف ـ مدیران سازمان های مناطق آزاد بـه نمایندگی از طرف دولت، بالاترین مقام منطقه محسوب می شوند و کلیه وظایف، اختیارات و مسئولیت های دستگاه های اجرایی دولتی مستقر در این مناطق بـه استثنای نهادهای دفاعی و امنیتی بـه عهده آنها است. سازمان های مناطق آزاد منحصراً براساس قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی و اصلاحات بعدی آن و قانون کار اداره می شوند.

تبصره 1 ـ واگذاری وظایف، اختیارات و مسئولیت های دستگاه های تحت نظر مقام معظم رهبری، با موافقت ایشان صورت می پذیرد.

تبصره 2 ـ اختیارات فرماندار در مورد مصوبات شوراهای اسلامی شهر و روستا در مناطق آزاد بـه مدیر سازمان منطقه آزاد واگذار می شود.

ب ـ کالاهای تولید و یا پردازش شده در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی بـه هنگام ورود بـه سایر نقاط کشور بـه نسبت مجموع ارزش افزوده و ارزش مواد اولیه و قطعات داخلی بـه کار رفته در آن، تولید داخلی محسوب و از پرداخت حقوق ورودی معاف است.

تبصره 1 ـ مواد اولیه و کالاهای واسطه ای خارجی بـه کار رفته در تولید، مشروط بـه پرداخت حقوق ورودی، در حکم مواد اولیه و کالای داخلی محسوب می شود.

تبصره 2 ـ مواد اولیه و قطعات خارجی بـه کار رفته در کالاهای تولید و یا پردازش شده در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی کـه در گذشته از سایر مناطق کشور بـه منطقه ارسال شده و در تولید و یا پردازش محصولی کـه بـه کشور وارد می شود، بـه کار گرفته شود در حکم مواد اولیه تلقی می شود و از پرداخت حقوق ورودی معاف است.

پ ـ هزینه های بندری مربوط کـه طبق قوانین جاری از کشتی ها و شناورها بابت خدمات بندری دریافت می شود در صورتی کـه این بنادر توسط بخشهای خصوصی، تعاونی و مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی در محدوده مناطق آزاد ایجاد شده باشند، توسط سازمان های مناطق آزاد مربوطه اخذ می شود. مناطق آزاد مجازند نسبت بـه ثبت و ترخیص کشتی ها طبق قوانین جاری و بین المللی اقدام کنند.

ت ـ مبادلات کالا بین مناطق آزاد و خارج از کشور و نیز سایر مناطق آزاد از کلیه عوارض (به استثنای عوارض موضوع ماده (10) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوب 1372/06/07، مالیات و حقوق ورودی معاف می باشند.

ث ـ بـه منظور گسترش ارتباطات علمی با مراکز و نهادهای آموزشی و تحقیقاتی معتبر بین المللی، ایجاد نمایندگی دانشگاه های داخلی و معتبر خارجی بر طبق اعلام وزارتخانه های ذی ربط و تاسیس دانشگاه های خصوصی در مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی و ویژه اقتصادی با رعایت قوانین مربوط مجاز است.

ج ـ محدوده آبی مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی با رعایت ملاحظات امنیتی و دفاعی کـه بـه تایید ستاد کل نیروهای مسلح می رسد بـه فاصله هشتصد متر از قلمرو خاکی مناطق آزاد تعیین می شود و از امتیازات قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی ایران مصوب 1372/06/07 و اصلاحات بعدی آن برخوردار است.

چ ـ بـه منظور زدودن فقر از چهره مناطق آزاد تجاری، سازمان های مناطق آزاد موظفند حداقل یک درصد (1%) از محل وصول عوارض ورود و صدور کالاها و خدمات این مناطق را از طریق نهادهای حمایتی بـه محرومان و نیازمندان بومی این مناطق اختصاص دهند.