سازمان حفظ نباتات دارای شورایی است که از اشخاص زیر تشکیل می شود:

1 ـ وزیر کشاورزی

2 ـ معاون فنی وزارت کشاورزی

3 ـ معاون وزارت دارایی

4 ـ معاون وزارت کشور

5 ـ معاون وزارت بهداری یا یک کارشناس به انتخاب وزیر بهداری

6 ـ رییس مؤسسه بررسی آفات و بیماری های گیاهی

7 ـ رییس سازمان حفظ نباتات

8 ـ مدیر عامل بنگاه شیمیایی و سه نفر کارشناس دفع آفات با شخصیتهایی که کار آنها با دفع آفات ارتباط دارد به انتخاب وزیر کشاورزی. وزیر کشاورزی و در غیاب او معاون فنی وزارت کشاورزی عهده دار ریاست شورا خواهد بود.