اهداف سازمان عبارتند از:

الف - تلاش در جهت تحقق بخشیدن به ارزش های عالیه اسلامی در کلیه امور پزشکی.

ب - تلاش در جهت پیشبرد و اصلاح امور پزشکی.

ج - مشارکت در جهت ارتقاء سطح دانش پزشکی.

د - حفظ و حمایت از حقوق بیماران.

هـ - حفظ و حمایت از حقوق صنفی شاغلان حرف پزشکی.

و - تنظیم روابط شاغلین حرف پزشکی با دستگاه های ذی ربط در جهت حسن اجرای موازین و مقررات و قوانین مربوط به امور پزشکی.