وظایف و اختیارات سازمان باتوجه به اهداف فوق به شرح زیر می باشد:

الف - اظهارنظر مشورتی در تهیه و تدوین لوایح، طرح ها، تصویب نامه ها و آیین نامه های مرتبط با امور پزشکی.

ب - تنظیم دستورالعمل های تبلیغاتی و آگهی های دارویی و مواد خوراکی و آشامیدنی و آرایشی و بهداشتی و امور پزشکی و اعلام به مراجع ذی ربط.

تبصره - سازمان نظام پزشکی موظف است حداکثر ظرف مدت پانزده روز از تاریخ وصول استعلامیه، نظر خود را به مراجع ذی ربط اعلام نماید.

ج - تدوین و تصویب مقررات و ضوابط خاص صنفی مربوط به استاندارد کردن تابلوها و سرنسخه های موسسات پزشکی و پزشکان شاغل حرف پزشکی و وابسته پزشکی.

د - اجرای برنامه های آموزش مداوم اعضاء موضوع این قانون در راستای قانون آموزش مداوم جامعه پزشکی با مجوز وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی.

هـ - صادر نمودن کارت عضویت برای اعضاء سازمان موضوع این قانون.

و - رسیدگی انتظامی به تخلفات صنفی و حرفه ای شاغلین حرف پزشکی کـه عنوان جرائم عمومی را نداشته باشند.

ز - اظهارنظر کارشناسی در مورد جرائم پزشکی به عنوان مرجع رسمی به دادگاه ها و دادسراها.

ح - همکاری با مراجع ذی صلاح در جهت رسیدگی به تخلفات غیر صنفی و جرائم شاغلین به حرف پزشکی و وابسته به پزشکی و اظهار نظرهای کارشناسی مشورتی در این رابطه با مراجع ذی ربط.

ط - همکاری با مراجع ذی صلاح در جهت حفظ احترام و شئون پزشکی در جامعه.

ی - همکاری با مراجع ذی ربط در جهت گسترش فعالیت های علمی و تحقیقاتی و انتشارات پزشکی.

ک - اظهارنظر و مشارکت فعال به هنگام تعیین یا تجدیدنظر در تعرفه های خدمات بهداشتی و درمانی بخش دولتی و تعیین تعرفه ها در بخش غیردولتی براساس ضوابط بند 8 ماده 1 قانون بیمه همگانی خدمات درمانی کشور مصوب 1373/08/03 و همکاری با مراجع ذی صلاح در اجرای آن.

تبصره - درصد تعهد سازمان های بیمه گر در قبال تعرفه های فوق توسط شورایعالی بیمه خدمات درمانی همه ساله تعیین خواهد شد.

ل - اظهارنظر و مشارکت فعال در تعیین و یا تجدیدنظر در میزان مالیات و عوارض مشاغل موسسات و شاغلان حرف پزشکی و همکاری با مراجع ذی صلاح در وصول آن.

م - مشارکت در تدوین آیین نامه ها و دستورالعمل های نظارتی درمورد مطب ها، موسسات درمانی و بهداشتی و دیگر مراکز پاراکلینیک در بخش خصوصی.

ن - صدور پروانه اشتغال مطب های پزشکی و حرف وابسته و تمدید آنها و مشارکت در صدور پروانه موسسات پزشکی براساس مقررات و ضوابط وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی.

ق - عضویت در شوراهای گسترش و برنامه ریزی دانشگاه ها و مشارکت در تعیین ظرفیت دانشگاه های دولتی و غیر دولتی.

ر - همکاری در تدوین آیین نامه های ارزشیابی و مشارکت در اجرای آن برای مراکز درمانی و بیمارستانی. ش - کمک به رفع مشکلات رفاهی و مالی شاغلان حرف پزشکی کم درآمد و خسارت دیده ازطریق صندوق تعاون و رفاه.

ت - همکاری با مراجع ذی ربط در ارائه خدمات امدادی، بهداشتی و درمانی به هنگام بروز حوادث و سوانح غیرمترقبه از طریق تشویق و بسیج اعضاء سازمان.

س - مشارکت فعال در تدوین برنامه های آموزشی گروه پزشکی.

ع - همکاری و مشارکت در جهت اشتغال فارغ التحصیلان گروه پزشکی.

ف - انجام کلیه مسئولیت ها، وظایف و اختیاراتی کـه تاکنون در قوانین مختلف از سوی مجلس شورای اسلامی به سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران محول گردیده است.