وظایف شورای عالی نظام پزشکی به شرح زیر می باشد:

الف - اجرای دقیق وظایف مقرر در ماده 3 این قانون و نظارت مستمر بر حسن اجرای آنها از طریق رییس کل سازمان.

ب - نظارت بر عملکرد نظام پزشکی شهرستان ها.

ج - نظارت بر عملکرد صندوق تعاون و رفاه وابسته به سازمان نظام پزشکی.

د - رسیدگی به تخلفات انضباطی هیات مدیره نظام پزشکی شهرستانها ارجاعی از طرف شورای هماهنگی استان و رفع اختلاف بین آنها.

هـ - تهیه و تصویب دستورالعمل های اجرایی لازم در چارچوب این قانون.

و - انحلال هیات مدیره نظام پزشکی شهرستانها و برگزاری انتخابات مجدد در چارچوب این قانون.

ز - تصویب بودجه سالیانه سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران.